V petek, 29. marca 2013, je Mitja Ferlan zagovarjal svojo doktorsko nalogo z naslovom »Spremljanje toka ogljika v Kraških ekosistemih z mikrometeorološkimi metodami (eng: The Use of Micro-Meteorogical Methods for the Monitoring of the Carbon Fluxes in Karst Ecosystems)«. Zagovora, ki je je potekal v sejni sobi dekanata Biotehniške fakultete, so se udeležili številni strokovnjaki s področij gozdarstva, lesarstva, biologije in agronomije. Komisijo so sestavljali prof. dr. Jurij Diaci (BF), ki je bil njen predsednik, kot mentor in somentor tudi prof. dr. Franc Batič (BF) in znan. svet. dr. Primož Simončič (GIS) ter iz Univerze v Udinah prof. dr. Alessandro Peressotti.

Prof. dr. Jurij Diaci je predstavil kandidata, dosedanje raziskovalno delo in zaključil z besedami: "Dosedanje raziskovalno delo Mitja Ferlana je usmerjeno v razvijanje merilnih naprav, kar se kaže v njegovi bibliografiji. Tudi zaradi patentov, prvi je že zaključil postopek registracije, drugi pa ga bo kratkem, ga lahko označim kot izredno inovativnega." Mitja Ferlan je v uvodu javnega zagovora doktorske naloge predstavil mikrometeorologijo s poudarkom na meritvah, ki se izvajajo v ekologiji. Pojasnil je, da se mikrometeorološke aktivnosti izvajajo v Mejni plasti ozračja, katere debelina je odvisna od hitrosti vetra in hrapavosti podlage, ponavadi se giblje med 50 in 200m. Mejna plast ozračja se nato razdeli še na več plasti in mikrometeorološke meritve v ekologiji se izvajajo v vplivni plasti, v podplasti hrapavosti in v površinski plasti. Vsebina meritev je zelo različna in se prilagaja aktualnim vsebinam meritev v ekologiji. Glede na zadnje spremembe v ozračju zemlje je aktualna vsebina meritev CO2, saj se je njegova koncentracija v zadnjih desetletjih zelo povečevala.

Po predstavitvi kroženja CO2 v gozdnem ekosistemu je Mitja Ferlan predstavil štiri cilje svoje doktorske naloge: (1) preučitev ponorno aktivnost kraških ekosistemih; (2) kontrola kvalitete podatkov izmerjenih po metodi eddy covariance; (3) kontrola samogretja merilnih inštrumentov ter (4) meritev komponente tal. Skupaj z zastavljenimi cilji je predstavil tudi hipoteze doktorske naloge, ki jih je v nalogi preverjal z dvema metodama, metodo eddy covariance in metodo komor. Po predstavitvi obeh metod merjenja, ki se poleg drugih uporabljata v mikrometeorologiji na področju ekologije, je predstavil  merilne naprave, najprej za metodo eddy covariance.

 
 
Za merilno metodo komor je uporabljal statične in dinamične komore. Zaprta dinamična komora je preko zračne črpalke povezana z analizatorjem plina, ki spremlja spremembo njegove koncentacije v času. Odprta dinamična komora je prav tako povezana z analizatorjem plina, ki pa v začetku meritve izmeri zračno koncentracijo in nato ob znanem pretoku, še poveča koncentracijo zaradi izhajanja toka npr. iz tal ali rastline v komori.

Raziskovalno območje, kjer so bile postavljene  omenjene merilne naprave, je bilo na območju Podgorskega krasa, v submediteranskem območju Slovenije in sicer na dveh raziskovalnih ploščah, Zaraščanje in Pašnik. S primerjavo ponornih aktivnosti in ostalih parametrov na obeh ploskvah je Mitja Ferlan preverjal hipoteze v doktorski nalogi. Prvo hipotezo - na podlagi meritev z eddy convariance lahko zaključimo, da zaraščanje opuščenih kraških pašnikov poveča ponorno aktivnost za ogljik in to pripelje do spremembe ogljikovega cika – je na podlagi podatkov sprejel. Prav tako je sprejel drugo hipotezo – potrdimo lahko, da nekatere značilnosti kraških ekosistemov, kot sta heterogenost terena, vremenske razmere in vegetacija vplivajo na kvaliteto meritev po metodi eddy covariance. Tretjo hipotezo - uporaba B4 metode za korekcijo NEE, zaradi samogretja merilnega inštrumenta, ni primerna za preučevana ekosistema, saj za nekatere vremenske razmere daje nerealne rezultate. Predlagamo uporabo enakega pristopa, vendar le na podlagi meritev izvedenih na uporabljeni merilni opremi na terenu – SISC korekcija – je na podlagi meritev zavrnil. Medtem ko je četrto hipotezo -  na podlagi meritev dihanja tal, lahko zaključimo, da avtomatski sistem poveča poznavanje časovne variabilnosti tega parametra. Spremljajoče meritve talne vlage in talne temperature, skupaj z ročnimi meritvemi dihanja tal na večjem področju, nam dajo boljši vpogled v prostorsko variabilnost spremljanega parametra – sprejel.

V zaključni predstavitvi naloge je poleg ugotovitev pokazal odprta, nerešena vprašanja njegovega raziskovalnega področja, izpostavil je delitev tokov CO2 na biogene in geogene vire. Zahvalil se je Javni agenciji za raziskovlano dejavnost RS za financiranje njegovih projektov, Biotehniški fakulteti, Univerze v Ljubljani, posebej Oddelku za agronomijo, za zaposlitev in mentorstvo, Gozdarskemu inštitutu Slovenije za podporo in vzpostavitev Laboratorija za elektronske naprave.
Komisija je po prejetih odgovorih na svoja vrašanja po kratkim zasedanju ugotovila, da je Mitja Ferlan uspešno zagovarjal svojo nalogo in mu podelila naziv doktor znanosti s področja gozdarstva. Mitja, čestitamo!